Benno Baksteen volgde de opleiding tot verkeersvlieger aan de Rijksluchtvaartschool te Eelde. Daarna vervulde hij zijn militaire dienstplicht als officier vlieger bij de Marine Luchtvaart Dienst. In 1970 trad hij in dienst bij de KLM als eerste officier, eerst op de DC-9 op het Europese netwerk en daarna op de DC-8 wereldwijd. Hij werd gezagvoerder op de DC-9 in 1982 en was van 1988 tot 2003 gezagvoerder op de Boeing 747. Hij sloot zijn loopbaan af als gezagvoerder op de Boeing 777, waarmee hij het hele scala van eerste generatie straalvliegtuigen tot en met de nieuwste generatie hightech vliegtuigen heeft gevlogen. Hij ging in september 2006 met pensioen.

Vanaf 1974 was hij actief in diverse functies binnen de VNV, de Vereniging van Nederlandse Verkeersvliegers, en van mei 1989 tot mei 1997 was hij President van de VNV.

In 2000 was hij lid van de Commissie Rinnooy Kan inzake veilig baangebruik op Schiphol Airport. Daarnaast was hij in 2005 lid van de door minister Dekker van VROM ingestelde Gemengde Overheidscommissie Risicobeleid in het kader van het Programma Andere Overheid en medeverantwoordelijk voor het eindrapport “Ten oosten én ten westen van het Prins Clausplein: Gezond verstand in risicoland.”

In 2007 werd hij door de Minister van Verkeer en Waterstaat benoemd tot voorzitter van het internationaal georiënteerde adviescollege burgerluchtvaartveiligheid DEGAS: Dutch Expert Group Aviation Safety.

Hij verschijnt regelmatig in de media om luchtvaartzaken voor een groot publiek inzichtelijk te maken. Ook verzorgt hij al voor lange tijd gastcolleges aan de faculteit bedrijfskunde van Universiteit Twente. Deze gaan voornamelijk over veiligheid, kwaliteit en bedrijfsprocessen.